投服中心为公司制法人单位。股东会是投服中心的权力机构，股东单位为上海证券交易所、深圳证券交易所、上海期货交易所、中国金融期货交易所和中国证券登记结算有限责任公司。董事会是投服中心的决策机构，对股东会负责，行使股东会授予的权利。党委会是中心党的领导机构和重大业务决策机构，主要研究决定中心重大决策、重要人事任免、重大项目安排、大额资金使用等“三重一大”事项。经营管理层为投服中心的执行机构，负责日常经营与管理。